De doorlooptijd en de kosten voor de ontwikkeling van een geothermisch centrale zijn sterk afhankelijk van de mate waarin de lokale ondergrond al gekend is. Indien er weinig geweten is over de toestand van de diepe grondlagen is extra verkenning aan de hand van seismiek of andere geofysische methodes vereist. Op plaatsen waar de ondergrond wel al uitvoerig verkend werd, kan deze stap overgeslagen worden. Hierdoor kan het project met een half jaar of meer ingekort worden en dalen de aanloopkostenkosten met 500.000 tot 1.000.000 euro.
De grootste kosten voor de bouw van een geothermische centrale – zijn verbonden met de boringen. Ze omvatten kosten die moeten gemaakt worden om de boringen te ontwerpen, het terrein voor te bereiden, de vergunningen aan te vragen, de boorapparatuur te mobiliseren en te inspecteren en natuurlijk de kosten voor de boringen zelf. Al deze kosten zijn sterk afhankelijk van de complexiteit van de boringen, de toestand van de ondergrond en ervaring met diepboringen in de regio. Over het algemeen stijgen de kosten met diepte, zij het niet lineair.
De kosten van de bovengrondse installatie hangen zeer sterk af van de beoogde toepassing en van wat er reeds aanwezig is. Gaat het enkel om warmtelevering of zal er ook koude of elektriciteit opgewekt worden? Is er al dan niet een bestaand warmtenet aangepast aan de geleverde temperaturen? Wat zijn de nodigde aanpassingen aan de leidingen van en naar de putten en eventuele optimalisaties aan het systeem (bv. grondverwarming, luchtbehandelingskasten in serres, …). Indien een volledig nieuw net aangelegd dient te worden dan zullen deze investeringen sterk toenemen. Dat geldt ook voor een co-generatieplant, waarbij de turbine en de koeling de doorslaggevende kostenposten zijn.
De investeringen voor een geothermische centrale zijn hoog. De operationele kosten zijn echter beduidend lager dan voor bijvoorbeeld gasgestookte warmtelevering (zie Handboek Geothermie in de Gebouwde Omgeving, 2011).